MEGANE I phase 2 du 04/1999 au 10/2002

En 1999, la première série de la Renault Mégane a été restylée, la partie avant de la carrosserie a été celle qui a subi les changements les plus significatifs : de nouveaux groupes optiques en forme d'amande ont été insérés et une nouvelle calandre semi-circulaire incorporée au capot et divisée en deux par le logement du logo du constructeur automobile français ; le pare-chocs a également été modifié ; À l'arrière, les feux sont dotés de nouveaux plastiques. 
La gamme de moteurs a été mise à jour, avec le lancement d'un nouveau moteur de 2 litres d'une puissance maximale de 140 ch qui a remplacé le moteur précédent, de même cylindrée, monté sur les modèles Coach et Cabrio ; Le 1.6 8v a ensuite été remplacé par un 1.4 16v et le 2 litres SOHC a été remplacé par le nouveau 1.6 16v ; Le diesel atmosphérique 1.9 a été éliminé des listes de prix. Avec le lifting, la version Station Wagon de la Renault Megane a également été lancée, qui a été présentée sur le marché comme une alternative à la Mégane Scénic contemporaine qui, par la suite, a commencé à s'appeler uniquement Renault Scénic et a donc constitué un modèle de voiture à part entière ; En 2000, un nouveau moteur est proposé pour la Mégane SW, un 1.8 de 116 ch mais la nouveauté la plus importante est le lancement du premier moteur turbodiesel à rampe commune de Renault, le 1.9 dCi de 105 ch.
En 2001, la voiture a été équipée d'un système d'assistance électronique au freinage d'urgence et de l'utilisation de nouveaux tissus pour la sellerie intérieure.